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人体将每日摄取的食物、营养物通过复杂的转换过程变成机体生长活动所需的成份，并将废物排出。人体每天亦从外界环境吸收许多有害物质。体内的代谢废物和有害物质主要通过四大排泄系统-大肠、皮肤、呼吸道和泌尿道排出。这四大排泄系统任一方的功能失常则必将加重其它系统的负担，久之将诱发这些系统的功能障碍和疾病，从而产生自体中毒，损害机体的健康。在这四大排泄系统中，大肠是最重要而又最易被大多数人忽视的一个排泄系统。人类的许多疾病都与大肠功能失常有关。
大肠是消化道的下段，长约1．5米。食物残渣留在大肠内，其中一部分水分被大肠粘膜吸收，同时经过细菌的发酵和腐败变为粪便，除食物残渣外，粪便还包括脱落的肠上皮细胞和大量细菌。人体粪便中的细菌约占粪便固体总量的20％一30％，由于大肠内的酸碱度和温度对细菌的繁殖极为有利，在便秘的患者粪便中的细菌量和分解产物含量会更多。研究发现，粪便中的有害物质约为22种，其中包括硫化氢、氨气、沼气、二氧化碳等有害气体和苯类，吲哚、肉毒杆菌毒素、尸毒、蕈毒碱、甲酚、丁酸等，以及一些对人体有害的重金属盐类。
大量分解代谢产物及有害物质存在于粪便中，如不能按时排出，则部分可以通过结肠粘膜吸收，通过门静脉系统进入肝脏。这样一方面加重了肝脏的负担，耗竭肝脏的解毒酶系统，损害了肝脏功能；另一方面进入血液中的有害物质可以对人体各个器官和系统造成一定的损害。通过一定疗程的大肠水疗，加速了粪便的排出，降低了血液中有害物质和代谢产物的浓度，既可以消除自体中毒，恢复大脑的兴奋性和灵敏性，又可以减轻其它排泄器官的负担，保障其正常功能。大肠水疗正是基于对大肠解剖生理功能的认识及对粪便中细菌及其它有害物质的了解，以及这些有害物质对人体各器官的影响而发挥对人体某些疾病的治疗和对机体全面的保健作用。